Årsskiftet 2004/2005 stuvades farledsavgifterna om rejält. Bakom förändringarna låg en utredning inom regeringskansliet med ett påföljande regeringsbeslut där Sjöfartsverket gavs i uppdrag att utveckla systemet för farledsavgifter i enlighet med de bedömningar som redovisades i beslutet. Främsta syftet med omläggningen var att bättre spegla trafikens samhällsekonomiska marginalkostnader och samtidigt öka de ekonomiska incitamenten för att genomföra miljöförbättrande åtgärder i fartygen. Denna inriktning har förstärkts ytterligare med den skärpning av miljödifferentieringen i systemet som genomfördes den 1 april 2008.
Farledsavgiften är tvådelad där den ena delen tas ut på fartygets bruttodräktighet och den andra på lastat och lossat gods. För inrikes trafik tas den godsbaserade avgiften ut endast för lastat gods.
Antalet anlöp som avgiftsbeläggs är för den bruttobaserade delen av farledsavgiften maximalt fem respektive två per kalendermånad för passagerarfartyg respektive övriga fartyg.
Den godsbaserade avgiften tas ut med 2,90 kr per ton gods och med 0,80 kr för så kallat lågvärdigt gods. Gods som är att betrakta som lågvärdigt framgår av bilaga till Sjöfartsverkets föreskrifter (SJÖFS 2008:5) om farledsavgift.
Den del av farledsavgiften som tas ut på fartygets bruttodräktighet tas ut med 1,80 kr för varje enhet av fartygets bruttodräktighet för passagerarfartyg och med 2,05 kr för övriga fartyg.
Kryssningsfartyg erlägger farledsavgift med 0,80 kr per enhet av fartygets bruttodräktighet och betalar bara för ett anlöp i svensk hamn under samma kryssning.
Miljödifferentiering
Det ekonomiska incitamentet för att minska utsläppen av svavel och kväveoxider, dvs. Sjöfartsverkets rabatter, har ökats i det förändrade systemet. För fartyg som enbart använder bunkerolja med en svavelhalt som inte överstiger 0,5 viktprocent ges en rabatt med 0,50 kr på svavelavgiften, som i normalfallet uppgår till 0,70 kr. Fartyg som enbart använder bunkerolja med en svavelhalt som underskrider 0,2 viktsprocent är befriade från svavelavgift.
Fartyg som installerat utrustning för reduktion av utsläppen av kväveoxid erhåller en rabatt på den bruttodräktighetsbaserade farledsavgiften. Denna ges enligt en linjär skala som startar vid en utsläppsnivå om 10 g/kWh och går ner till under 0,4 g/kWh där fartyg är helt befriade från bruttodräktighetsbaserad farledsavgift.